故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击。江流儿，一个被父亲寄养在凌云寺的孤儿，凭借出色的围棋天赋和正义感，决心参加围棋国手大赛。在凌云寺，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵 配音）的赏识。江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆 配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。
在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。在这个充满硝烟的故事中，正义与邪恶的较量愈发激烈。江流儿在围棋界的成长历程充满了挑战和困境，但他始终坚守正义，为了心中的信仰而奋斗。
围棋国手大赛是一场充满智慧和勇气的较量，来自各地的围棋高手齐聚一堂，争夺荣誉和地位。江流儿在这个舞台上展现出了惊人的围棋才能，但也因此引来了无数棋手的嫉妒和敌意。在这场正义与邪恶的较量中，江流儿不仅要面对强大的对手，还要应对来自西金棋院的内部斗争。
随着故事的推进，江流儿逐渐揭开了妖刀王通寇一案的真相，发现这一切都是西金棋院为了控制围棋界而策划的一场阴谋。江流儿决定站出来揭露这个阴谋，为围棋界的正义而战。在这个过程中，江流儿结识了许多志同道合的朋友，他们一起并肩作战，共同抵抗邪恶势力。
经过一系列惊心动魄的较量，江流儿终于揭露了妖刀王的真面目，将其绳之以法。围棋界的正义得到了伸张，江流儿也成为了围棋界的英雄。然而，这场胜利并没有让江流儿停下脚步，他继续投身于围棋事业，为弘扬围棋精神而努力。
《围棋少年》是一部充满智慧、勇气和正义感的动画片，通过江流儿在围棋界的成长历程，展现了明朝末年围棋界的风貌和英雄人物的光辉形象。这部作品不仅让观众领略到了围棋的魅力，还传递了正义、勇敢和坚持信仰的正能量。