警方为了应对未确认生命体，开发了G3系统。这套系统是根据未确认生命体4号——幪面超人古迦的力量设计的。主角冰川诚是一位真诚但略带粗犷的警员，他在一次行动中，意外地发现了一座荒岛上的古代文明遗址。在解码过程中，未确认生命体再次出现，而G3系统也无法对抗它们。就在此时，神秘的金色幪面超人——亚极陀登场了。亚极陀是一位失忆的青年，他最初因无法控制自己的力量而袭击了G3系统。翔一暂住在美杉义彦的家中，结识了拥有超能力的风谷真鱼。真鱼不仅帮助翔一寻找失去的记忆，还与他一起遇到了苇原涼。涼在父亲遗留的物品中发现了一本关于他父亲死因的文章，原来他的父亲竟是另一位幪面超人——磯烙使。磯烙使是不完整的亚极陀，变身后的后遗症让他时常失控。在一次危险时刻，他得到了一个神秘青年的救助，这位青年拥有闇的遗传因子。随着时间的推移，更多的未确认生命体出现，翔一、涼和诚不得不联手对抗它们。尽管如此，他们还是经历了许多挑战和误会。涼误以为自己的女朋友是被亚极陀所杀，这导致了他与亚极陀的对立。随着亚极陀多次拯救G3系统，G3系统决定加入战斗，与亚极陀并肩作战。最终，在G3-X和亚极陀的合作下，未确认生命体虽然变得越来越强大，但最终还是被击败了。第三个幪面超人是木野薰，他虽然优先对抗未确认生命体，但也同样会对抗磯烙使和亚极陀。他认为只要有他在就足够了。然而，磯烙使在一次战斗中被强化后的涷所救，之后做出了改变。原来，这位神秘青年是远古使用暗力量的创造者，他这次派出水的精灵来对抗亚极陀和他的伙伴们。起初，四人面对水的精灵显得无能为力，但在翔一的鼓励下，亚极陀的力量得到了提升，四人合力终于战胜了水的精灵。在警方的调查下，发现翔一的姐姐木雪菜也曾是亚极陀的变身者。而其他拥有超能力的人最终也都变成了亚极陀。真鱼发现她的父亲的死与亚极陀有关，因此开始疏远翔一。面对创造主的亲自出击，他要收回翔一等人的力量，并决定杀死所有人类以防止更多的亚极陀诞生。他派出了风、地、水三精灵，翔一、涼和诚的最后决战就此展开。