一家跨国制药公司与国内沿海城市合作兴建了一座大型生物工程基地。西海医院院长徐谦，敏锐地察觉到葛安公司在医院下属的肝病医疗中心进行非法药物实验，并且他们还试图窃取自己导师凌知渊正在秘密研究的某项重大科研成果——“黑郁金香”病毒研究。
徐谦深知，自己患有一种不治之症——肌肉萎缩症，最多半年时间就将躺在病床上，最多两年时间将辞别人世。在这个关键时刻，他的职责和良知驱使他决定查出黑幕。然而，最有效的方法就是让黑幕的操作者信任自己。于是，徐谦毅然决然地上了葛安公司的“贼船”。
经过一场精心策划的“考试”，徐谦成功地让黑幕的操作者信任了自己，成为了生物工程基地的CEO。葛安公司断定凌知渊手上的秘密研究具有极大的商业价值，于是将其女儿、高级流行病学专家凌子墨从国外派回西海。她的身份是生物工程基地高级顾问，但总部的秘密意图，却是让她慢慢接近其父手中的秘密研究，助其父一臂之力，并在她自己不知情的情况下，将医学情报透给葛安。
凌子墨回到西海，发现自己深爱的徐谦变得世俗、陌生甚至可怕。在这种情形下，她与以前的恋人、一个因嫉恶如仇颇具个性而显得不合时宜的律师汪晓寒渐渐走得较近。徐谦为了让自己深爱的女友能在自己死前重新找到感情归宿，刻意做出一些不近情理伤害凌子墨的事，令凌子墨痛苦万分。
与魔共舞的徐谦，忍受着女友和导师朋友同事的误会，忍受着身体的痛苦和心灵的折磨，将收集到的犯罪分子们的罪证，以“蜘蛛侠”的网名不断给凌子墨发去电子邮件，指引凌子墨慢慢勘破其中的种种“悬机”。徐谦成了一个特殊的卧底和两面人，他想通过这样的方式里应外合让凌子墨、汪晓寒等人将犯罪黑幕大白于天下。
“黑郁金香”病毒即将大面积爆发，凌知渊和凌子墨父女二人联手攻关，欲抢在病毒爆发前彻底破译它的基因密码。一场对黑郁金香科研成果的争夺战开始倾于白热化。葛安不惜代价不择手段要获取凌知渊父女的基因图。而最后黄雀在后的竟是凌知渊的助手、一个表面医术平平实则是此中高手的虞雅琴！
当凌子墨等人终于意识到蜘蛛侠其实是徐谦时，徐谦为了保护黑郁金香的珍贵资料和虞雅琴等人展开了殊死搏斗，最后壮烈牺牲。依据徐谦提供的重要证据，西海市市长一声令下，葛安公司的罪犯们被依法逮捕，无一漏网。而人们敬仰的医学专家凌知渊，为了抢救病人自己感染了病毒，献出了生命。
美丽的海滨墓地前，人们络绎不绝地前来凭吊英雄，大海亦为之动容。这是一个关于勇气、责任和爱情的故事，展现了人性的光辉与黑暗，以及在困境中坚守信念的重要性。